A Copa Airlines chegou a um acordo salarial com seus pilotos tentando evitar o êxodo para outras companhias aéreas. Os pilotos da Copa recebem US$ 3.000,00 por mês, além das ajudas de custo, quantia que passaria para US$ 6.000-7.000 a partir do acordo pactuado, e que está próxima das ofertas que estão recebendo na Índia e Catar.
Em 2006, cerca de 40 pilotos da Copa decidiram provar sorte em outras companhias, número que aumentou para 70 em 2007.